Nicht selten treten zudem ausgeprägte Kopfschmerzen als Begleitsymptom einer Hypothyreose auf. Obwohl die meisten Ärzte einen solchen Zusammenhang bestreiten, berichten viele Betroffene sowohl über neu aufgetretene Kopfschmerzen als auch über eine Verschlechterung bestehender Kopfschmerzen durch die Schilddrüsenerkrankung. Dies wurde inzwischen auch im Rahmen einer medizinischen Studie belegt (Moreau, Manceau, Giroud-Baleydier, Dumas, Giroud: „Headache in hypothyroidism. Prevalence and outcome under thyroid hormone therapy” Cephalalgia 1998, 18: 687 – 689).
Aus bisher noch weitgehend ungeklärten Gründen kommt es bei den autoimmunen Schilddrüsenerkrankungen Morbus Basedow und Hashimoto-Thyreoiditis darüber hinaus in bis zu 20% der Fälle zu teilweise sehr stark ausgeprägten Schmerzen in Muskeln, Sehnen und Gelenken. Typisch für die Hashimoto-Thyreoiditis (eher seltener beim Morbus Basedow) ist auch ein allgemeines Zerschlagenheitsgefühl mit Gliederschmerzen ähnlich wie bei einer schweren Grippe. Diese autoimmun verursachten Muskel- und Gelenkschmerzen können unabhängig von der Behandlung mit Schilddrüsenhormonen weiter bestehen bleiben und verstärken sich oft deutlich während der Krankheitsschübe und verschwinden manchmal vollständig wenn die Schilddrüsenentzündung „ausgebrannt“ ist. Einige Schilddrüsenexperten vermuten als Ursache für hartnäckige Muskelschmerzen und -verhärtungen ein Einwandern von Entzündungszellen in die Muskulatur. So konnten bei Hashimoto-Erkrankten bereits Antikörper gegen bestimmte Bindegewebsfasern in den Muskeln nachgewiesen werden.
Ein nicht unerheblicher Teil der autoimmunen Schilddrüsenerkrankten leidet desweiteren unter anhaltenden rheumatischen Beschwerden, deren Ursache ärztlich abgeklärt werden sollte. Neben Gelenkschmerzen kann es zu regelrechten Gelenkentzündungen (Arthritis) kommen, bei denen neben Schmerzen weitere Symptome wie Rötung, Schwellung und Überwärmung eines oder mehrerer Gelenke auftreten. Hier ist besonders darauf zu achten, daß bei rund 25 % der Betroffenen der autoimmunen Schilddrüsenerkrankungen weitere Autoimmunerkrankungen hinzukommen. So kommt es beispielsweise auch im Rahmen einer weiteren Autoimmunerkrankung, dem Lupus erythematodes zu Gelenkschmerzen. Betroffen sind hier besonders die Sprunggelenke. Besteht trotz Schilddrüsenhormonbehandlung neben Muskel- und Gelenkschmerzen eine starke Müdigkeit bis hin zur völligen Erschöpfung, muss an ein eventuell zusätzlich auftretendes chronic fatique syndrom oder auch eine Fibromyalgie gedacht werden. Kennzeichen der Myasthenia gravis ist eine ausgeprägte Muskelschwäche, die sich auch durch die Behandlung mit Schilddrüsenhormonen nicht beeinflussen lässt. Meist manifestiert sich diese Muskelschwäche zunächst im Bereich eines Augenlids, welches herabhängt.
Zu den harmlosen - aber oft übersehenden - Ursachen für Muskelschmerzen und Muskelkrämpfe bei Schilddrüsenerkrankungen zählen Nährstoffdefizite (Eisen, Magnesium, Calcium, Natrium, Vitamin D). Durch die ödematöse Verdickung der Darmschleimhaut im Rahmen der Hypothyreose entstehen Resorptionsstörungen, die eine ausreichende Aufnahme verhindern. Bei der Hyperthyreose passieren die Nahrungsmittel den Dünn- und Dickdarm so schnell, dass für die optimale Ausnutzung der Nahrung nicht ausreichend Zeit bleibt.