Die folgenden Punkte stehen im Fokus der Kritik:
Zweifelhafte Wirksamkeit: Zwar existieren unzählige Studien, die eine gute antidepressive Wirkung dieser Substanzen belegen sollen. Bei eingehender Analyse ergibt sich jedoch nur ein minimaler Wirkvorteil der modernen Antidepressiva gegenüber Scheinmedikament (Placebo), der überdies durch Mängel der Untersuchungen erklärt werden kann. Der Hinweis des bedeutendsten deutschen Pharma-Informationsblatts arznei-telegramm auf die womöglich negative Nutzen-Schaden-Bilanz dieser Medikamente (PDF) löste 2005 in Deutschland heftige Diskussionen aus; die Antidepressiva-Befürworter konnten die Kritik seither nicht substanziell entkräften (PDF).
Die Qualitätsmängel der oft bemühten "Nutzenbelege" erörtern wir unter Manipulation bei Antidepressiva-Studien.
Nebenwirkungen: Es hat sich herausgestellt, dass die modernen Antidepressiva keineswegs so verträglich und nebenwirkungsarm sind wie behauptet. Zwar gibt es eine größere Gruppe von Menschen, die diese Medikamente relativ problemlos vertragen, doch gibt es genau so eine Gruppe, die erhebliche Nebenwirkungen bis hin zu massiven Reaktionen zeigen. Zwischen diesen beiden Extrema sind verschiedenste Variationen möglich.
Abhängigkeit: Ausgehend von einer völligen Leugnung von Problemen beim Absetzen der Antidepressiva hat sich heute eine Diskussion um die Absetzproblematik gefestigt. Lagen die Angaben des Herstellers GlaxoSmithKline für das Auftreten von Absetzsymptomen anfangs bei 0.4%, so ist heute eine Wahrscheinlichkeit von 25% angegeben. Die Pharmaunternehmen sind dabei jedoch nach wie vor bemüht Begriffe, die mit dem Thema Entzug in Verbindung gebracht werden könnten, zu vermeiden. Das Ausmaß der so genannten Absetzsymptome kann dabei jedoch abhängig von der Person und Einnahmedauer von leichtem Unwohlsein bis zu erschütternden Entzugssymptomen mit einer Dauer von Wochen und Monaten gegeben sein.
Verhaltensänderungen: Eine zunehmende Anzahl von Berichten dokumentiert Verhaltensänderungen bei einem Teil von Patienten, die moderne Antidepressiva eingenommen haben. Das Auslösen von Aggressionen oder suizidalen Gedanken durch diese Medikamente ist Bestandteil einer zunehmenden Diskussion.
Aufklärung: Zunehmende Kritik besteht besonders seitens der betroffenen Personen gegenüber den Pharmaherstellern. Neue Erkenntnisse über bewusst zurückgehaltende Studien, und der Ideologie Geldeinnahmen vor das Wohl der Patienten zu stellen führt weltweit zu Unmut. In den USA sind bereits verschiedene Massenklagen im Vorbereitung. Eine große Problematik ist jedoch auch durch die mangelnde Aufklärung der Ärzteschaft gegeben. Noch heute sind sich viele behandelnde Ärzte nicht der Erkentnisse über die geannten Risiken bewusst oder versuchen diese, zum Leid ihrer betroffenen Patienten, zu leugnen.
, fand letztendlich heraus meine Schilddrüse war schuld 
.
