Die Geschichte spielt im Wendischen, in der Nähe von Hoyerswerda, zur Zeit des großen Kurfürsten, der sich im Krieg mit den Schweden befindet. Sie handelt von dem Waisenknaben Krabat, der als 14jähriger Bettelknabe zu einem Müller in die Lehre gelangt, bei dem er nicht nur das ehrbare Handwerk erlernt, sondern auch die Schwarze Kunst, welche ihm und seinen 11 Müllersgefährten fast zum Verhängnis geworden wäre, wenn ihm nicht die Rettung inletzter Minute mit Hilfe eines jungen Mädchens gelungen wäre. Denn wer sich mit der Schwarzen Kunst ud also mit dem Teufel einläßt, den holt er früher oder später, so wie es am Schluss dann dem Müller statt dem Müllersburschen erging.
Das Buch ist in drei Teile gegliedert, in die drei Jahre nämlich, welche Krabat auf der Mühle verbringt, bis er sich dann aus dem Verhängnis, das er immer mehr durchschaut retten kann.
Das erste Jahr:
Krabat, 14 Jahre alt, dessen arme Eltern an den Pocken starben, wird durch wiederkehrende Träume auf den Weg zur Mühle am Schwarzen Wasser geführt, wo er vom einäugigen Meister schon erwartet wird. Krabat nimmt den Platz des 12. Müllersburschen ein, über dessen Verbleib ihm keiner Auskunft geben will. In seinem ersten Jahr wird Krabat in den Kreis der Zauberlehrlinge aufgenommen, als Rabe muss er wöchentlich einmal Zaubersprüche lernen, als Bursche das tägliche Handwerk, und an Neumondnächten kommt der 'Gevatter' und bringt sein Korn zum Mahlen. Die Lehrzeit ist hart für den Jungen, als Helfer in der Not erweist sich der Altgeselle Tonda, der aber am Jahresende auf unerklärliche Weise stirbt und Krabat nur sein Messer und einige dunkle Ahnungen hinterlässt.
Das zweite Jahr:
Krabat wird zum Gesellen gemacht, er ist in diesem ersten Jahr um drei Jahre gealtert. Die Arbeit in der Mühle geht weiter, Krabat schließt immer mehr Freundschaft mit dem als dumm geltenden Juro, dessen Dummheit sich aber als schützenden Maske erweist. In der Osternacht hört Krabat den Gesang eines Mädchens wieder, das immer mehr seine Phantasie beschäftigt: Kantorka. Gegen Jahresende entsteht wieder diese unerklärliche Unruhe und Streitlust unter den Müllersburschen, in der Nacht vor dem Jahreswechsel kommt wieder einer rätselhaft zu Tode.-
Das dritte Jahr:
Krabat beginnt die Zusammenhänge zu durchschauen. Juro hilft ihm dabei. Der Meister hat einen Pakt mit dem Teufel, er bekommt Macht und politischen Einfluss, sogar beim Hofe des Kurfürsten und jedes Jahr ein weiteres Lebensjahr, wenn ein Geselle an seiner Statt stirbt.
Krabat beginnt, seinen Widerstand zu planen und lernt von Juro, dass ein Mädchen ihn und alle retten kann, wenn es zu Jahresende beim Meister um ihn bittet und eine Probe besteht. Er nimmt mit der Kantorka heimlich Kontakt auf. Der Meister spürt die Bedrohung, versucht Krabat einzuschüchtern, schließlich durch Vergünstigungen für sich einzunehmen, bietet ihm sogar seinen Platz an, doch Krabat geht nicht darauf ein. So bestimmt der Meister ihn zum Todeskandidaten dieses Jahres und lässt ihn sein Grab schaufeln. Doch die Kantorka kommt tatsächlich, besteht die Probe und alle Gesellen sind befreit, nicht nur vom Hexenmeister, sondern auch von ihren eigenen Zauberkünsten.
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