Lincoln Six Echo (McGregor) und Jordan Two Delta (Johansson) leben nach einer globalen radioaktiven Verseuchung zusammen mit hunderten weiterer Überlebender in einer Arkologie, geschützt vor der Kontamination der Außenwelt. Sie tragen alle die gleiche Kleidung, die Umgebung ist blitzblank sauber, und sie gehen einer mehr oder weniger stupiden Arbeit nach. Ihr Leben, ihre Ernährung und ihre Freizeit sind stark reglementiert und aufs Schärfste überwacht.
Doch diese sterile Welt ist nur eine Illusion. In Wirklichkeit ist die Erde nicht verseucht; die gesamte Anlage gehört einem Großkonzern unter der Leitung des skrupellosen Dr. Merrick, der dort mit finanzieller Unterstützung der Regierung offiziell auf dem Gebiet der Organforschung tätig ist, tatsächlich jedoch auf Bestellung Klone von Menschen züchtet. Für viel Geld (Größenordnung 5 Millionen Dollar) kann man sich klonen lassen und somit ein „Ersatzteillager“ für seine kranken Organe oder eine unfreiwillige Leihmutter erhalten.
Um die Klone ruhigzustellen, wird ihnen das Märchen einer verseuchten Erde vorgegaukelt, auf der es nur noch eine erhaltene natürliche, unverseuchte Umgebung gebe, nämlich die sogenannte „Insel“. Angeblich hat jeder der Bewohner die Möglichkeit, an einer Lotterie teilzunehmen und als Gewinner dorthin zu gelangen. Die Hoffnung, selbst bald die Reise auf die Insel zu gewinnen, ist der Lebensinhalt der Klone. Tatsächlich ist die Lotterieziehung jedoch fingiert, sodass immer genau diejenigen Klone die „Reise“ antreten dürfen, deren Organe gerade gebraucht werden. Dadurch wird den Klonen der Weggang ihrer „Mitbewohner“ plausibel gemacht
