Wie verschiedene Studien zeigten, haben Actinobacillus actinomycetemcomitans (Aa) und Porphyromonas gingivalis (Pg) ein hohes pathogenes Potential. In geringerem Mass trifft dies auch für Prevotella intermedia (Pi), Fusobacterium nucleatum (Fn), Bacteroides forsythus (Bf),
Treponema denticola (Td) und einige andere Bakterien zu. In der parodontalen Tasche können auch unübliche Keime wie Enterobakterien, Pseudomonaden, Staphylokokken und Hefen pathogene Bedeutung erlangen. Mit Hilfe der verwendeten Kulturverfahren ist es möglich, auch diese Keime nachzuweisen.
Da Parodontitiden opportunistische Infektionen sind, ist die vollkommene Elimination der meisten Bakterien nicht notwendig. Oft genügt es, die Menge der Bakterien zu reduzieren. Therapieziel für die Schlüsselpathogene Aa und Pg ist die Elimination, während bei Pi und Fn eine Reduktion der Keimzahl im Vordergrund steht, die vom Immunsystem auf tiefem Niveau unter Kontrolle gehalten werden kann.
Im Labor für Orale Mikrobiologie werden Bakterien der parodontalen Tasche mit Hilfe von kulturellen und molekulargenetischen Methoden nachgewiesen. Die kulturelle Diagnostik ist zeitaufwendig und technisch anspruchsvoll. Ihre Vorteile liegen jedoch darin, dass eine gute Übersicht über die in der Probe vorhandenen Keime möglich ist, unübliche Keime relativ rasch entdeckt werden und die gefundenen Erreger für weitere Abklärungen (z.B. Resistenzprüfungen) zur Verfügung stehen.
Molekulargenetische Methoden, die die Hybridisierung von Nukleinsäuren ausnutzen (Gensonden, Polymerase - Ketten - Reaktion PCR), können qualitative und z.T. auch quantitative Resultate innerhalb kurzer Zeit erbringen. Mit ihrer Hilfe können auch Bakterienarten detektiert werden, die nur sehr schwer kulturell nachzuweisen sind. Mit diesen Techniken werden aber nur vorher definierte Keime entdeckt. Zudem werden auch die Nukleinsäuren toter (z.B. nach einer Antibiotikatherapie) oder metabolisch inaktiver Bakterien nachgewiesen
