Genetische Tests (Erfahrungs- und Gedankenaustausch)

26.09.13 18:02 #1
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Genetische Tests (Erfahrungs- und Gedankenaustausch)

evalesen ist offline
Beiträge: 3.039
Seit: 20.08.09
Zitat von julejule81 Beitrag anzeigen
3 Prozent?!?!
Ich hatte vorhin nochmal etwas gegooglet und bin auf eine Fehlerquote von 0.01% gestossen (wäre für mich akzeptabel). Wo hast Du denn die 3 % gelesen, könntest Du kurz den Link posten? Danke :-)
Die 3 % sind rein spekulativ, und so gemeint, bei einer Unsicherheitsquote von 0-3% der Test in Ordnung ist. Dein Wert von LongaVista ist statistisch, und sehr interessant, danke für den Link.

23andme sichert sich ab, und schreibt auf seiner Homepage, daß Fehler passieren können.

Genetische Tests (Erfahrungs- und Gedankenaustausch)

evalesen ist offline
Beiträge: 3.039
Seit: 20.08.09
Vielen Dank, de bear, für Deine wie immer sehr konstruktiven Überlegungen, so sehe ich das auch! LG Eva

Genetische Tests (Erfahrungs- und Gedankenaustausch)
julejule81
Zitat von DeBear
Die FDA hat 23andme ja im Visier, ich denke wenn die Rohdaten nicht verlässlich wären hätten die schon etwas unternommen.
Noe, ganz sicher nicht. Die Maschinen, die heute so in den Laboren herumstehen (und natürlich genutzt werden) haben eine Genauigkeit von ca. 96-99%. Die Genauigkeit kann dann dadurch erhöht werden, dass man eben mehrmals sequenziert (darauf wollte ich mit der Coverage hinaus). Dann kommt man an die 100% heran, aber eben nur fast, denn neben zufälligen Fehlern hat jede Sequenzierungsplattform auch systematische Fehler. Ausserdem kostet hohe Coverage eben Geld.

Aber ich seh's wie Du: Mit 0.01% Fehlerquote kann ich leben! :-)

Genetische Tests (Erfahrungs- und Gedankenaustausch)

tiga ist offline
Beiträge: 1.283
Seit: 16.03.10
Eine Frage aus einem anderen Thread hier her gezaubert..

Hallo Brigitka,

Zitat von Brigitka Beitrag anzeigen
Hallo tiga,

habe eben in meiner livewello interpretation nachgeschaut und habe dieses Gen da nicht gefunden. Oder kann man dort noch extra Gene eingeben?
Ja, man kann da noch alle erdenklichen Gene eingeben.
Die automatische Interpretation umfasst nur die Gene, die von breitem Interesse sind. Dieses Ding nennt sich "Standard Variance Report".

Wenn du oben im Menübalken auf "Apps" gehst, öffnet sich ein Fenster.
Da wählst du 23andMe App - dann erscheint eine Liste mit

- Standard Variance Report (das hast du schon)
- SNP Sandbox und
- SNP Templates Libary

Bei der SNP Sandbox kannst du selbst von deinen 23andMe Rohdaten die rsID eingeben / hineinkopieren (es müssen mindestens 2 sein, sauber kopiert, ohne den Leerraum zu kopieren),
nach jeder einzelnen rs-Eingabe unten auf "search" klicken,
dann diesen SNPs oben rechts in dem kleinen Feld einen Namen geben -
und dann ... irgendwo auf get Data oder so ähnlich gehen.
Ich kann gerade nicht nach dem genauen Begriff schauen, da wohl der Server überlastet ist.
Du wirst dann automatisch mit 23andMe verbunden und musst dem zustimmen (wie beim ersten Report auch).

Die andere Variante wäre die "SNP Templates Libary".
Dort kannst du eine Liste von Gengruppen sehen, die User bereits aufgestellt haben.
Dadurch würdest du die ganze Arbeit der zu kopierenden rsID sparen und kommst so auch zu Interpretationen.
Allerdings gibt es da noch nicht sooo vieles (immer auf Load more gehen, damit du die gesamte Liste angezeigt bekommst).

Hatte auch schon einen Fehler bei denen. Bei Glutenintoleranz. War bei denen im grünen Bereich, aber dem ist nicht so.
Das ist echt shitte. Welcher Wert war das denn?
Bei mir liegt auch die Disposition für eine mögliche Zöliakie vor. Das wusste ich schon vor Jahren von einem deutschen Labor.
Allerdings wurde hier in Deutschland HLDQ8 und HLDQ2 (meine ich) getestet.
Bei Livewello wurde HLA rs2858331 mit der Allele GG als Disposition rot markiert.
Da mir die Zöliakiesache schon bekannt war, bin ich diesem Ergebnis noch gar nicht nachgegangen..

Inzwischen überlege ich auch, doch noch eine andere Interpretationsseite in Anspruch zu nehmen.. Es nervt, wenn man den Ergebnissen nicht trauen kann, weil die Minor-Allel nicht zwangsläufig der Risk-Allele entspricht und irgendwie check ich es meist nicht auf anderen Seiten heraus zu lesen, was von all den genannten Buchstaben denn nun die "normale" Allele ist - und was die Variante.

HAT DA JEMAND EINEN TIPP ODER EINE HILFE?
WO KANN MAN KLAR UND DEUTLICH DIE RISK ALLELEN FINDEN?


Viele Grüße - tiga
__________________
Fragen zu Behandlungen usw. bitte öffentlich im Forum stellen.

Geändert von tiga (20.03.14 um 21:23 Uhr)

Genetische Tests (Erfahrungs- und Gedankenaustausch)

malk ist offline
Beiträge: 1.188
Seit: 26.08.11
Zitat von tiga Beitrag anzeigen
Es nervt, wenn man den Ergebnissen nicht trauen kann, weil die Minor-Allel nicht zwangsläufig der Risk-Allele entspricht und irgendwie check ich es meist nicht auf anderen Seiten heraus zu lesen, was von all den genannten Buchstaben denn nun die "normale" Allele ist - und was die Variante.

HAT DA JEMAND EINEN TIPP ODER EINE HILFE?
WO KANN MAN KLAR UND DEUTLICH DIE RISK ALLELEN FINDEN?
Hallo tiga,

Das ist jenau das Problem mit den Interpretationen. Ich denke wir können uns nur auf Yasko & Co verlassen, dass die sauber recherchiert haben und gemeinsam hier das Wissen überprüfen und recherchieren.

Kennst du SNPedia? Z.B. Rs1801133 - SNPedia
Das SNP wird genau beschrieben (was bekannt ist), die Verteilung innerhalb der verschiedenen Bevölkerungsgruppen wird angegeben (rechts unten die Farbbalken). Es werden mögliche Risiken angegeben, inkl. die durch Forschung ermittelte Risk Allele (das ist leider auch keine Garantie, sondern von irgendwelchen Leuten zusammengetragenes Wissen). Auch werden Studien und andere Quellen verlinkt um sich tiefer einlesen zu können. Natürlich ist nicht alles drinnen, das HFI rs10993269 finde ich zum Beispiel nicht.

So wie ich das verstehe hat die Minor-Allele per se mal nichts mit der Risk-Allele zu tun. Damit wird nur die Verteilung innerhalb der Bevölkerung angegeben. Es kann durchaus sein, dass die Minor irgendwelche Vorteile hat oder es auf die Situation und anderen Faktoren ankommt ob die Major oder ninor die "bessere" Variante ist.

Geändert von malk (21.03.14 um 17:04 Uhr)

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evalesen ist offline
Beiträge: 3.039
Seit: 20.08.09
Zitat von tiga Beitrag anzeigen
HAT DA JEMAND EINEN TIPP ODER EINE HILFE?
WO KANN MAN KLAR UND DEUTLICH DIE RISK ALLELEN FINDEN?


Viele Grüße - tiga
ich poste es hier nochmal:


tiga, livewello und SNPedia interpretieren "rückwärts", und 23andme und dbSNP rs4744362 "vorwärts", was für unsere Zwecke richtig ist.

Wenn Du unter dbSNP Reference

Reference SNP (refSNP) Cluster Report: rs4680******************* With non-pathogenic allele **


nachschaust, kannst Du unter Minor Allele die risk allele ablesen, das ist in diesem Fall z.B. "G"

Geändert von evalesen (21.03.14 um 17:13 Uhr)

Genetische Tests (Erfahrungs- und Gedankenaustausch)

evalesen ist offline
Beiträge: 3.039
Seit: 20.08.09
Korrekterweise müßte man, so wie malk es sagt, die Forschungen zu den einzelnen Genen lesen. Auf der Chromosomenkarte von dbSNP oben auf der Seite sind Forschungen verlinkt, diese müßte man lesen, um auf die exakte risk Allele zu schließen.

Genauestens erforscht sind, wie malk schreibt, Amy Yasko´s Forschungen, d.h. das Entgiftungs- und Methylierungsprofil.

Auch die Interpretationen von 23andme dürften stimmen: mein Healthtest, den es ja leider seit Ende November nicht mehr gibt, stimmt exakt überein mit meiner Genese.

Auch die mthfr-support-Interpretationen sind mit Sicherheit gut erforscht.

Vieles bedarf noch weiterer aktueller Forschungen. LG Eva

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Brigitka ist offline
Beiträge: 1.803
Seit: 06.04.09
Zitat von tiga Beitrag anzeigen
Eine Frage aus einem anderen Thread hier her gezaubert..
Hallo Tiga,

schön, daß Du Dir die Mühe gemacht hast, ein bißchen Struktur hilft doch enorm Sachen wiederzufinden

Zitat von Brigitka
Hatte auch schon einen Fehler bei denen. Bei Glutenintoleranz. War bei denen im grünen Bereich, aber dem ist nicht so.
Das ist echt shitte. Welcher Wert war das denn?
Vom HLA-DQA1, rs2187668, da habe ich CC, und das ist ++ laut 23andme.

Bei Livewello wurde HLA rs2858331 mit der Allele GG als Disposition rot markiert.
Habe ich da auch, aber wahrscheinlich muß man alles noch mal hinterfragen
Inzwischen überlege ich auch, doch noch eine andere Interpretationsseite in Anspruch zu nehmen.. Es nervt, wenn man den Ergebnissen nicht trauen kann, weil die Minor-Allel nicht zwangsläufig der Risk-Allele entspricht und irgendwie check ich es meist nicht auf anderen Seiten heraus zu lesen, was von all den genannten Buchstaben denn nun die "normale" Allele ist - und was die Variante.
Genauso isses.

Und Danke für die ausführliche Beschreibung

@ Malk: Wie bist Du denn jetzt mit der NutraHacker Interpretation zufrieden?

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Brigitka ist offline
Beiträge: 1.803
Seit: 06.04.09
Zitat von evalesen Beitrag anzeigen
tiga, livewello und SNPedia interpretieren "rückwärts", und 23andme und dbSNP rs4744362 "vorwärts", was für unsere Zwecke richtig ist.
Eva, wie meinst Du das? Ich komm da nicht nach

Wenn Du unter dbSNP Reference

Reference SNP (refSNP) Cluster Report: rs4680******************* With non-pathogenic allele **

nachschaust, kannst Du unter Minor Allele die risk allele ablesen, das ist in diesem Fall z.B. "G"
Das verstehe ich ja noch ...

VG, Brigitka

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evalesen ist offline
Beiträge: 3.039
Seit: 20.08.09
Zitat von Brigitka Beitrag anzeigen
Eva, wie meinst Du das? Ich komm da nicht nach
Brigitka,
Es gibt 2 DNA-Stränge (das hat nichts zu tun mit den Allelen), den Vorwärts- (Plusstrang) und Rückwärtsstrang (Minusstrang). Genaueres müssen wir nicht wissen. Wichtig ist nur, daß wenn wir wissen, welche Allele auf einem Strang ist, die andere Allele auf dem anderen Strang ist, da diese komplementäre Paare sind. Wenn ein Strang ein A ist, ist der andere T. Wenn ein Strang C ist, ist der andere G.

Noch eine kleine Korrektur zu den Auswertungen: DbSNP zeigt die meisten snp´s auf dem Vorwärtsstrang an, aber manche auch auf dem Rückwärtsstrang.

Wenn Du bestimmte Gene außerhalb von Methylierung und Detox, findest Du hier eine Anleitung:

http://forums.phoenixrising.me/index...aw-data.28029/

Und hier postet Livewello über die Differenzen bezüglich unterschiedl. Gentest-Reports:

https://www.facebook.com/Livewellovi...tal_comments=6


LG Eva

Geändert von evalesen (22.03.14 um 12:03 Uhr)


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