Die Rolle des Histamins im zentralen Nervensystem wird seit Jahren intensiv erforscht, trotzdem wurde sie bis jetzt noch zu wenig dokumentiert. Ein Zusammenhang zwischen Histaminüberschuss oder -mangel und Verhaltensstörungen ist jedoch eindeutig. Bei Patienten mit Histapenie (zu niedrige Histamin-Werte) sind häufig Symptome der Schizophrenie inklusive Paranoia und Halluzinationen zu finden. Bei ihnen ist nicht nur der Histaminspiegel herabgesetzt, sondern meist auch der Kupferspiegel stark erhöht. Weitere Symptome der Histapenie sind gestörter Gedankenlauf, Gedankenjagen und ausgeprägte Depression, verursacht durch die hohen Kupferwerte. Ein Mangel an Histamin lässt eher das Zerfahrene, Weitschweifige, Inkonsequente in einem Charakter hervortreten, in günstigeren Fällen mit Einfallsreichtum und Eigenständigkeit gepaart, unter krankhaften Umständen aber unbestimmte Ängste, Grandiositätsgefühle, Argwohn oder gar Beziehungswahn hervorbringend. Psychiatrische Symptome bei Histadelie-Patienten (zu hohe Histamin-Blutwerte) sind Missempfindungen, Störungen im Gedankenablauf, Geistesabwesenheit, abnorme Ängste, häufige Tränenausbrüche, ständige suizidale Depression, Verwirrtheit, Wahnvorstellungen und Zwangshandlungen. Histadelie-Patienten leiden an der schwersten Schlaflosigkeit jeder Untergruppe der Schizophrenien. Histamin beschleunigt die Oxidation der Nahrung, so dass der Histadelie-Patient meist ein schlanker Nimmersatt ist. Diese Patienten nehmen meistens übermässig viel Zucker zum Kaffee oder Tee, klagen über Allergien und periodischen Kopfschmerzen und haben oft eine sehr niedrige Schmerzgrenze, weil Histamin als Botenstoff bei der Schmerzvermittlung wirkt. Zu hohe Histaminwerte veranlagen die Menschen zu Zielstrebigkeit, Durchsetzungskraft, aber auch zu Borniertheit, Zwanghaftigkeit und Depressionen, sogar zu Selbstzerstörungsneigung auch z.B. in Form von Süchten.
Histamin ist der wichtigste Entzündungs-Mediator bei allergischen Erkrankungen des Typ I wie Rhinitis allergica (saisonaler Schnupfen) und Asthma bronchiale. Es ist Auslöser der Urticaria verantwortlich für die Schwellung der Augenlider bei Conjunctivitis und spielt eine wichtige Rolle bei Medikamenten-allergien bzw. -unverträglichkeiten. Die Fehlfunktion bei Atopikern (Asthma bronchiale, atopische Dermatitis) liegt in der spontanen Hyperreagibilität gegenüber spezifischen aber auch gegenüber unspezifischen Stimuli wie Hitze, Stress, körperliche Arbeit, Lösungsmittel usw. Erst bei rascher Freisetzung grösserer Mengen von Histamin kommt es zur echten allergischen Reaktion. Auch bei Personen ohne Allergien kommt es bei physikalischer Gewebsverletzung z.B. durch Sonnenbestrahlung oder Verbrennung zu verstärkter Histaminausschüttung mit Hautrötung als Folge erhöhter Durchblutung, da Histamin primär als Vasodilatator wirkt. Histamin kann auch durch schockartige Ereignisse, Unfälle, Schläge, aber auch grosse Angst oder Schmerzen, selbst während chirurgischen Operationen im Übermass freigesetzt werden.