Me/cfs

13.04.14 01:55 #1
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AW: Me/cfs

Gini ist offline
Beiträge: 1.032
Seit: 18.04.09
Ich habe mir den Link zum PR, den ich weiter oben verlinkt habe, noch genauer angesehen. Bezüglich der Nutrahacker-Auswertungen schreibt eine Userin (Valentijn) im PR:

Nutrahacker is a bit of hack job. They don't check the sources of their sources, and literally cut and paste stuff from random places on the internet. Hence their information often isn't presented in a coherent manner, and I wouldn't be surprised if they have a lot of inaccuracies.

Some of my comments on PR, without citations, were copied word for word into the output of their reports. Which was a bit funny because I'm somewhat contrary regarding the Yasko opinions which they were parroting for other SNPs on the same genes.

Basically they don't know what they're doing, but they think they've found a nice market to exploit.
Glucocorticoid receptor polymorphisms and haplotypes associated with CFS. | Phoenix Rising ME / CFS Forums

Nutrahacker überprüft die Quellen ihrer Quellen nicht, und übernimmt Inhalte aus dem Internet oft wortwörtlich. Dabei reißen sie sie aus dem Zusammenhang, sodaß man sich über Ungenauigkeiten nicht wundern darf.
So haben sie auch die Kommentare von 'Valentijn aus dem PR wortwörtlich übernommen, obwohl sie sogar manchesmal im Gegensatz zu Yaskos Aussagen stehen. Grundsätzlich wissen sie nicht, was sie tun.

Jetzt wundert mich nicht mehr, warum die beiden Nutrahacker-Auswertungen, die ich habe, so unterschiedlich sind. Viele Mutationen gab es bei der zweiten Auswertung plötzlich nicht mehr. Also ich hadere wirklich mit dieser ganzen Schwammigkeit bei den Allelen.

Ob Schnakenburg genauere Aussagen machen kann? Weiß jemand, welches Labor er leitet?

LG Gini

AW: Me/cfs

Gini ist offline
Beiträge: 1.032
Seit: 18.04.09
Dr. Schnakenberg leitet das IPgD in Langenberg. Ich habe ihn kontaktiert und gefragt, ob er mir die Studie nennen kann, bei der die 9 Gene aus dem Vortrag mit 76,3 % überrepräsentiert waren.

Diese hier ist es: "Combinations of single nucleotide polymorphisms in neuroendocrine effector and receptor genes predict chronic fatigue syndrome"
Combinations of single nucleotide polymorphisms in neuroendocrine e... - PubMed - NCBI

Ich verstehe allerdings nicht genau, was da untersucht wurde. Irgendwie ging es darum, ob es Snip-Kombinationen gibt, mit denen man ein CFS genauer voraussagen kann. Genannt werden im Abstract nur 3 Gene.
Im PR haben sie sich diese Studie genauer angesehen. Demnach ist folgende Snipkombination mit einem größeren Risiko für CFS verbunden.

According to the text, it looks like they're saying that (basically) these 4 SNPs together mean greater risk of CFS:
TPH2 rs1386486 (A)
NRC1 rs6196 (A)
NR3C1 rs6188 (C)
CRHR2 rs2284217 (A)
Combinations of single nucleotide polymorphisms in neuroendocrine effector and receptor genes in CFS | Phoenix Rising ME / CFS Forums

Ich bin mir nicht ganz sicher, ob Schnakenburg im Vortrag nicht u.U. über mehrere Studien gesprochen hat, als nur über diese eine. Die Zusammenfassung von cfs-aktuell läßt einige Fragen offen und ist nicht immer schlüssig.

LG Gini


tiga ist offline
Beiträge: 1.283
Seit: 16.03.10
Hallo zusammen,

Zitat von Gini Beitrag anzeigen
Ich bin mir nicht ganz sicher, ob Schnakenburg im Vortrag nicht u.U. über mehrere Studien gesprochen hat, als nur über diese eine. Die Zusammenfassung von cfs-aktuell läßt einige Fragen offen und ist nicht immer schlüssig.
die Zusammenfassung seines Vortrags auf CFS-aktuell ist aus dem Jahr 2011. Dazu kann ich nichts sagen. Aber in seinem aktuelleren Vortrag von 2014 (über den ich hier kurz berichtet habe http://www.symptome.ch/vbboard/genet...ml#post1035782)
fasste er die Ergebnisse verschiedener Studien zusammen.
Aus Zeitmangel war es unmöglich, die entsprechenden Quellen zu erfassen, oder mitzuschreiben.

Aaaber, was für uns interessant wäre, wären ganz aktuelle Ergebnisse einer anderen Studie.
Wenn ich es richtig verstehe, ist die von ME-Research UK in Auftrag gegeben worden:

Use of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) to distinguish gene expression subtypes of chronic fatigue syndrome/myalgic encephalomyelitis (CFS/ME).

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25240059
RESULTS:
21 SNPs were significantly associated with CFS/ME compared with depression and normal groups. 148 SNP alleles had a significant association with one or more CFS/ME subtypes. For each subtype, associated SNPs tended to be grouped together within particular genes
Die Zusammenfassung ist für Recherchen unbrauchbar.
Vielleicht zahlt Phoenixrising ja auch für den ganzen Artikel und stellt diesen zur Diskussion.

Hier werden die wichtigsten 10 rs-Nummern der Studie aufgelistet:
Use of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) to distinguish gene expression subtypes of chronic fatigue syndrome/myalgic encephalomyelitis (CFS/ME) | ME Research UK

The headline result, published in the Journal of Clinical Pathology, was that 21 SNP alleles had significantly different ‘frequency distributions’ in ME/CFS patients than in depression control or healthy control subjects – seven of these SNPs were within the BMP2K gene and two were within the IL6ST gene. A significantly different distribution between ME/CFS patients and healthy controls was observed for 10 ME/CFS-associated gene SNPs
rs11895568,

rs1860661,

rs10787901

rs2071167,

rs3752411,

rs3737529,

rs3775516

rs1426139,

rs1373998,

rs3802758

Ich wollte alle recherchieren und dann hier posten, aber schaffe es im Moment nicht. Konnte sie auch noch nicht mit den hier bereits genannten abgleichen.
Vielleicht mag und kann dies inzwischen jemand anderes übernehmen

Bis dahin.. viele Grüße

tiga
__________________
Fragen zu Behandlungen usw. bitte öffentlich im Forum stellen.

Geändert von tiga (20.11.14 um 12:11 Uhr) Grund: Link vergessen

AW: Me/cfs

Gini ist offline
Beiträge: 1.032
Seit: 18.04.09
Hallo zusammen,

mir hat jemand die von Schnakenburg genannte Studie im Volltext überlassen. Da kommen die neun Gene drin vor, auch die dazugehörigen rs-Nummern sind alle genannt. Ich muß mich aber erst einmal durch alles hindurchlesen, um zu begereifen, worum es bei den einzelnen Auflistungen geht. Da mein Englisch nicht so toll ist, und die Zeit sehr begrenzt, kann das dauern....., (weshalb auch die Zeit fehlt, tigas Anregungen nachzugehen....)

Weiß jemand, ob es erlaubt ist, die Studie im Volltext im Anhang hereinzuladen? Oder kann es da Schwierigkeiten geben mit Copyright oder ähnlichem?

LG Gini

AW: Me/cfs

Gini ist offline
Beiträge: 1.032
Seit: 18.04.09
Ich habe mir die Studie, die Schnakenburg genannt hat, "Combination of single nucleotide polymorphisms in neuroendocrine effector and receptor genes predict chronic fatige syndrome" angeschaut. Viel kann ich nicht dazu sagen.
Combinations of single nucleotide polymorphisms in neuroendocrine e... - PubMed - NCBI

Das liegt einmal daran, daß sich die Studie nicht in ein Übersetzungsprogramm kopieren läßt, da sie Kennwort-geschützt ist, und die Übersetzung enorm viel Zeit schlucken würde. Aber selbst wenn eine einfachere Übersetzung möglich wäre, würde sie wahrscheinlich nicht allzu viel bringen, denn es wäre immer noch sehr schwierig zu verstehen, um was es da geht. Man muß im Grunde genommen Mathematik studiert haben, um die ganzen Berechnungen, ob und wie sich ein CFS mittels Snip-Kombinationen vorhersagen läßt, zu verstehen. Da geht es um lauter mathematische Größen wie "Support vector machines", um Algorithmen und ähnliches mehr, und wie/warum sie anders vorgehen als in anderen Studien. Das ist Wahrscheinlichkeitsrechnung auf hohem Niveau.

Ich kann daher nicht viel mehr posten als die in der Studie untersuchten Gene und Snips, die alle aus dem Bereich der Neutotransmitter, Stresshormone und ihrer Rezeptoren stammen. Dazu in den nächsten Tagen mehr.

Wer am Wortlaut der Studie interessiert ist, dem kann ich sie gerne per mail zuschicken.

LG Gini

AW: Me/cfs

Gini ist offline
Beiträge: 1.032
Seit: 18.04.09
Ich habe gestern Abend noch im Buch "Stress, Depressionen, CFS" von Felicitas Reglin das Kapitel von Wilfried Bieger (Lab4more) nochmals gelesen. Er hat diese Studie auch angeführt. Da erfahren wir etwas mehr über die Einordnung dieser Studie.

Demnach wurde 2006 (wie schon im anderen Thread erwähnt) ein äußerst umfangreiches genetisches Screening bei CFS-Patienten gemacht (Vernon, 2006). 20.000 Gene wurden auf Auffälligkeiten in der Genexpression untersucht, darunter 500 Gene neuroregulatorischer Komponenten. Charakteristische Unterschiede wurden bei 28 Genen gefunden, die alle in Immunfunktion, Zellkommunikation und Stressresponse involviert sind.

In einem zweiten Ansatz wurden 50 Gene eingehender auf Polymorphismen untersucht, und schließlich auf drei der untersuchten neuroregulatorischen Gene 4 bzw. 5 Polymorphismen indentifiziert, denen ca. 75 % prädiktiver Wert für die Diagnose des CFS zukommt (Goertzel 2006, das ist die von Schnakenberg genannte Sutdie, und Smith 2006). Die Ergebnisse gelten als entscheidender Durchbruch in der Suche nach den eigentlichen Ursachen und als klare Bestätigung der organischen Genese des CFS, auch wenn damit nicht alle Fragen beantwortet sind.

Die Ergebnnisse zeigen, daß Cortisol mit mehreren Varianten des nukleären Cortisol- (Glukocorticoid-Rezeptors) sowie CRH mit einer Genvariante des CRH-Rezeptors und Serotonin mit dem Polymorphismus der Tryptophanhydroxylase (Tph II) die wesentlichen disponierenden Faktoren für CFS sind. Auch die 28 im erweiterten Screening auffälligen Gene bezogen sich fast ausschließlich auf die CRH-ACTH-Cortisol-Achse und auf Serotonin.

Die beiden anderen Studien:

Smith AK, White PD, Aslakson E, et al. Polymorphisms in genes regulating HPA axis associated with empirically delineated classes of unexplained chronic fatigue. Pharmacogenomics 7:387-94, 2006

Vernon SD, Whistler T, Aslakson E, Rajeevan M, Reeves WC: Challenges for molecular profiling of chronic fatigue syndrome. Pharmacogenomics: 7:211-18, 2006

Bieger schreibt aber auch von einer Häufung genetischer Auffälligkeiten bei den Entgiftungsenzymen, die wiederholt bei CFS-Betroffenen beschrieben sind. Auch bei den inflammatorischen Zytokinen seien genetische Varianten bekannt, sowie bei proinflammatorischen Genen.

LG Gini

Geändert von Gini (28.11.14 um 17:58 Uhr)

AW: Me/cfs

Gini ist offline
Beiträge: 1.032
Seit: 18.04.09
Die von Schnakenberg genannte Studie hat 28 Gene eingehender untersucht. Es waren dies:

COMT: Catechol-O-Methyltransferase

COMT_11804654....rs740603
COMT_2539273......rs933271
COMT_2538747…....rs4633
COMT_2539306……..rs165722
COMT_11804650……rs4646312
COMT_2538746…....rs6269

CRHR: Corticotropin-releasing hormone receptor

CRHR1-1570087.......rs7209436
CRHR1-2257689.......rs242924
CRHR1-2544830.......rs173365
CRHR2-15872871.....rs2267710
CRHR2_15960586.....rs2284217
CRHR2_11823513…...rs2267714

NR3C1: Nuclear receptor subfamiliy 3, group C, member 1

NR3C1_1046353…..…rs6188
NR3C1_1046360…....rs258750
NR3C1_8950998…... rs852977
NR3C1_11159943…..rs1866388

NRC1: Nonpapillry renal carcinoma

NRC1_1046361.......rs6196

TPH2: Tryptophan hydroxylase 2

TPH2_11407441.....rs1872824
TPH2_15836061......rs2171363
TPH2_1843075……...rs2070762
TPH2_8376146…...…rs4760750
TPH2_8376173….....rs4760816
TPH2_8872233….....rs1487280
TPH2_8376042…..…rs1386486

POMC: Proopiomelanocortin

POMC_3227244.......rs12473543

TH: Tyrosine hydroxylase

TH_243542........rs4074905
TH_245410……....rs10784941

5HTT: 5-Hydroxytryptamine transporter

5HTT-1841702….…rs2066713

Geändert von Gini (29.11.14 um 13:50 Uhr)

AW: Me/cfs

Gini ist offline
Beiträge: 1.032
Seit: 18.04.09
Allen diesen SNPs kommt ein prädiktiver Wert von entweder 75,2 % zu, oder 76,3 % zu.

Mit 76,3 % werden geannnt:

TPH2_8376042….. …rs1386486
NR3C1_11159943…..rs1866388
NR3C1_1046353…..…rs6188
CRHR2_15960586.....rs2284217

Alle anderen mit 75,2 %.

Ich wäre froh, wenn von Euch noch jemand mehr aus der Studie herauslesen kann als ich. Mein Englisch ist nicht das beste.

LG Gini

AW: Me/cfs

de bear ist offline
Beiträge: 961
Seit: 16.06.13
Super, Gini, vielen Dank. Auch wenn ich die einzelnen Gene nicht im Detail nachforschen werde, ist die Zusammenfassung eine erhebliche Hilfe. Die HHN-Achse ist aus meiner Sicht sicher ein Hauptbestandteil des CFS Problems, diese Arbeit bestätigt den Ansatz bei CFS die HHN-Achse zu unterstützen und ist so ein wertvoller Beitrag zur Therapiefindung und Gestaltung.

LG de bear


hitti ist offline
Beiträge: 1.896
Seit: 26.02.12
Zitat von Gini Beitrag anzeigen
Allen diesen SNPs kommt ein prädiktiver Wert von entweder 75,2 % zu, oder 76,3 % zu.

Mit 76,3 % werden geannnt:

TPH2_8376042….. …rs1386486
NR3C1_11159943…..rs1866388
NR3C1_1046353…..…rs6188
CRHR2_15960586.....rs2284217

Alle anderen mit 75,2 %.
Wow Gini, vielen Dank! Da werde ich bei Gelegenheit - nur mal so aus Interesse - bei meinem Genom nachschauen :-)

Interessant sind für mich dabei u.a. auch die Tyrosine-SNPs, da ich aktuell von Thyroxin und T3 auf die Aminosäure Tyrosin umgestellt worden bin...

LG

hitti


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